해양연구소는 해양의 여러 현상에 대한 이론적인 기초 연구와 해양 환경 및 자원의 조사와 개발을 수행함으로써 해양학의 발전과 산학협동 연구 수행 및 인재양성에 그 목적을 두고 있다. 또한 EEZ 설정이나 한‧일, 한‧중 어업협정, 연안역 관리법 등 국가가 필요로 하는 장기적인 해양 이용이나 보전을 위한 정책 개발 및 국가 해양 비전제시를 뒷받침하고자 한다. 대학의 해양학 교육과 연구 활동을 접합시켜 국제적 수준의 우수한 전문 연구인력 양성을 뒷받침하고, 우리나라 주변 해역에 대한 연구를 활성화시키며, 아울러 국내 대학들의 공동연구와 국외 연구기관들과의 연구협력을 통해 우리 주변해의 해양 현상에 관한 지식을 확충하는 역할을 하고자 한다.