생물다양성연구소는 기초과학 분야로는 국내 최초의 미생물학 교육 및 연구기관인 자연과학대학 미생물학과와 우수연구센터인 분자미생물학연구센터를 모체로 그 동안 이 분야에 종사해 온 국내 유수의 연구원을 망라하여 새로운 아이디어와 조직을 구축하여 공동연구를 수행하고, 국제적으로 새로운 지식의 축적을 목적으로 하고 있다. 미생물생리학, 면역학, 분자세포단백체학, 균분자생태계통학, 곤충 및 집단유전체학 등의 각 연구실에서는 생물다양성 분야의 다양한 연구가 이뤄지고 있다. 생물다양성연구소의 구체적인 설립 목적은 다음과 같다:(1) 생물다양성 분야 공동연구 수행 (2) 대학원생 및 연수연구원의 교육 및 연수 지원 (3) 기업 및 국내외 연구기관들과의 협동연구체제 구축 (4) 학술정보의 확보, 관리 및 제공